Tùy vào hàm lượng muối đầu vào mà ta có thể lựa chọn những phương pháp khử mặn phù hợp. Nếu hàm lượng muối trong nước nguồn:
+ Dưới 2000 – 3000 mg/L: kinh tế nhất là xử lý bằng phương pháp trao đổi ion (lọc qua bể lọc cation và anion)
+ Từ 3000 – 10000 mg/L dùng phương pháp điện phân.
+ Nếu cần khử mặn hàm lượng muối từ 10000 – 35000 dùng phương pháp chưng cất hoặc làm đóng băng hay lọc qua màng bán thấm.
1. Phương pháp trao đổi ion
Khử muối của nước bằng phương pháp trao đổi ion tức là lọc nước qua bể lọc H-cationit và OH-anionit. Khi lọc nước qua bể lọc H-Cationit, do kết quả trao đổi các cation của muối hòa tan trong nước với các ion H+ của hạt cationit, các muối hòa tan trong nước biến thành các axit tương ứng:
RH + NaCl → RNa + HCl
2RH + Na2SO4 → 2RNa + H2SO4
2RH + Ca(HCO3)2 → R2Ca + 2CO2↑ + 2H2O
Và khi lọc tiếp, nước đã được khử cation ở Bể H-Cationit, qua bể lọc OH-anionit, các hạt anionit sẽ hấp thụ từ nước các anion của các axit mạnh như Cl-, SO42- (Khí cacbonic được khử ra khỏi nước bằng làm thoáng trước khi cho vào bể OH-anionit) và nhả vào nước một số lượng tương đương anion OH-
[An]OH + HCl → [An]Cl + 2H2O2[An]OH + H2SO4 → [An] 2SO4 + 2H2O
2. Phương pháp thẩm thấu ngược
Thực chất của phương pháp này là: lọc nước qua màng bán thấm đặc biệt bằng axetyl xenlulo. Màng chỉ cho nước đi qua còn các ion của muối hòa tan trong nước được giữ lại. Để lọc được nước qua màng này phải tạo ra một áp lực dư ngược với hướng di chuyển nước bằng thẩm thấu, nghĩa là tạo ra áp lực dư trong nước nguồn cao hơn áp lực thẩm thấu của nước qua màng, để nước đã được lọc qua màng không trở lại dung dịch muối do quá trình thẩm thấu.
3. Phương pháp chưng cất nhiệt
Được sử dụng nhiều trong dân gian. Là phương pháp thủ công lâu đời nhất. Cơ sở của phương pháp này chính là đun nóng nước tới điểm sôi để chuyển thành dạng hơi sau đó ngưng tụ lại thành nước tinh khiết. Phương pháp này thích hợp với mọi loại nước có độ mặn khác nhau. Tuy nhiên nhược điểm của phương pháp này chính là làm thủ công, tốn thời gian, tốn nhiên liệu.